喷码机的工作原理主要依赖于不同的喷墨技术，包括连续喷墨技术和按需喷墨技术。
在连续喷墨技术中，油墨在压力作用下进入喷枪，经过喷嘴时受压电晶体的作用断裂成一串连续的、间距相等且大小相同的墨滴。这些墨滴在经过充电极时被充上不同的电核，然后在高电压磁场下发生偏转，飞出喷头落在移动的产品表面形成点阵，从而形成文字、数字或图形。未被充电的墨滴则直接射入回收槽被回收再使用。

按需喷墨技术的喷码机工作原理则有所不同，它分为三种类型：压电式喷墨技术、压阀式喷墨技术和热发泡式喷墨技术。其中，压电式喷墨技术是通过驱动板输出一连串的电信号给各个压电晶体，使其产生变形从而挤压墨水喷射出来；压阀式喷墨技术则是通过电脑主板的处理输出电信号给智能微型电磁阀控制墨水的喷出；而热发泡式喷墨技术是通过加热墨水产生气泡使其喷出。

此外，无论是哪种类型的喷码机都需要对电路系统和供墨系统进行精确的控制和维护以保证稳定运行和高质量的喷印效果。同时为了避免堵塞等问题还需要进行定期的清洗保养操作。